1、第一检察部。负责除第二检察部承办案件以外的刑事犯罪、未成年人犯罪和侵害未成年人犯罪等案件的审查逮捕、审查起诉、补充侦查、出庭公诉、抗诉、复议、刑事申诉和立案监督、侦查监督、审判监督、羁押必要性审查、协助推进司法救助等工作。
未检工作：办理未成年人犯罪和侵害未成年人犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉；开展相关立案监督、侦查监督、审判监督以及相关案件的补充侦查；开展未成年人司法保护和预防未成年人犯罪工作；落实未成年人刑事案件特别程序，依法保障未成年人的合法权益（落实八项特殊检察制度）；全面准确适用未成年人认罪认罚从宽制度；加大未成年人法治宣讲力度，推进法治副校长进校园，配合巴市“鸿雁未检”未检宣讲团各项工作，做好综合协调。
2、第二检察部。负责对危害国家安全、公共安全犯罪，故意杀人、抢劫、毒品等犯罪，监察委员会移送职务犯罪案件，破坏社会主义市场经济秩序犯罪等案件的审查逮捕、审查起诉、补充侦查、出庭公诉、抗诉、复议、刑事申诉和立案监督、侦查监督、审判监督、羁押必要性审查、协助推进司法救助等工作。
等工作。
3、第三检察部。负责刑事执行检察工作。对人民法院、公安机关和看守所、社区矫正机构等执行机关执行刑罚活动和人民法院执行没收违法所得及其他涉案财产的活动是否合法实行监督；对减刑、假释、暂予监外执行的提请、审理、裁定、决定、执行活动是否合法实行监督；对监管被刑事拘留、逮捕和指定居所监视居住的犯罪嫌疑人、被告人的活动是否合法实行监督；对犯罪嫌疑人、被告人的羁押期限是否合法实行监督；对强制医疗执行活动是否合法实行监督；对刑事执行机关的监管活动是否合法实行监督；对罪犯又犯罪案件审查逮捕、审查起诉、出庭公诉，对罪犯又犯罪案件的立案、侦查、审判活动是否合法实行监督；对诉讼活动实行法律监督中发现的司法工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、非法搜查等侵犯公民权利、损害司法公正的犯罪进行立案侦查；其他事项。
4、第四检察部。负责民事、行政检察工作。依法对人民法院已生效裁判结果的案件进行监督；依法对审判程序中审判人员违法行为进行监督；依法对民事、行政执行活动进行监督；依法支持起诉（如农民工、弱势群体提起的民事诉讼）；对虚假诉讼进行监督。
5、第五检察部。负责公益诉讼检察工作（含涉及生态环境保护和资源保护、食品药品安全等公益诉讼保护领域的刑事检察工作）。
6、综合业务部。受理控告、举报、申诉，办理国家赔偿案件和国家司法救助案件。负责法律政策研究、检察委员会日常工作、法治副书记进乡镇社区等。负责案件管理工作。负责检察技术等工作。
控申工作职能：受理、分流来信、来访、来电、网络、上级交办等方式反映的控告、申诉和投案自首等信访事项（《刑事诉讼规则》第161、162、163条）；办理刑事申诉案件（《刑事诉讼规则》第164、165、558条）；办理国家司法救助案件；办理国家赔偿案件；办理阻碍辩护人、诉讼代理人依法行使诉讼权利的案件；收集、报送信访、控告、申诉检察信息，提供法律咨询；矛盾调解。
案管工作职能：负责本院案件受理、流转；负责办案流程监控；负责扣押、冻结款物的监督管理；负责以本院名义制发的案件文书的监管；组织开展案件质量评查；负责业务统计、分析；统一负责辩护人、诉讼代理人接待、案件查询；负责案件信息公开。
调研工作职能：负责法律政策研究、检察委员会日常工作、法治副书记进乡镇社区等。包括组织撰写业务研究、案例分析、调查报告、经验材料等。开展检察委员会日常工作。组织安排法治副书记进乡镇、社区工作。负责社会治安综合治理工作。
技术工作职能：市院技术处交办的报表、汇报、考核及其他任务；监委移送案件的同步录音录像工作；院内委托的检验鉴定案件；公益诉讼取证活动；照相摄像活动；执行部门案件取证配合工作；技术性证据审查工作。
7、办公室。负责机关文电、会务、机要、档案、保密等工作。协助院领导处理检察政务，组织协调院重要工作部署、重大决策的贯彻实施。起草审核相关文件文稿，处理检察信息，编发内部刊物。负责人大代表联络工作和特约检察员联系工作。负责领导同志批办事项督查工作。负责国有资产、物资装备管理和计划财务工作。负责信息化建设等工作。负责翻译工作。
办公室工作职能：负责完成部门年度总结报告、综合文稿起草、检察信息编写工作，编写《检察工作简报》、《检察情况反映》；保密、政务督查工作；负责档案管理、办公用品领用、固定资产管理工作；负责机要通道、保密工作，印信管理工作；负责院机关值班安排、文件传阅、文印室工作；接收政务平台文件，政府会议通知；负责公文处理的工作，编发《巴彦淖尔市检察动态》、收复函，会务、代表委员联络工作、领导外出报备工作；负责爱国卫生和扫黄打非工作。
计财装备工作职能：负责银行往来业务，日常现金、支票的收与支出；审核一切报销单据，办理现金收付手续；工资表的编造和工资发放；与政治部配合完成干警五险一金的核算；负责拟订会计核算、参与拟订财政预算、财务计划；及时做帐务和结算工作、填制和审核会计凭证，负责固定资产的财务管理；财物的收发增减和使用、资金收支进行核算；负责执行财政预算和总结，监督资金拨入和支出；会计凭证账册、报表等财会资料的汇编和归档，进行财会资讯分析和评价。
信息网络科工作职责：负责本院办公软件、办案软件的使用和维护工作；各类信息化建设工作以及涉密信息系统分级保护工作；负责本院内外网网络、机房、弱电间的管理、视频会议室、网呈会议室及大会议室设备的管理与维护；负责远程接访、远程提讯、远程庭审设备的维护，负责看守所网络设备、远程设备的维护；负责统一应用系统后台的设置与维护；负责本院内网网站和门户网站信息的发布和更新。
8、政治部。负责思想政治工作和组织人事工作。负责机关党建和群团工作，负责队伍建设、思想建设、文化建设、教育培训、离退休干部工作。负责检务督察工作。配合开展纪检监察工作。
政治部工作职能：负责工资福利、职级待遇、机构编制、人事任免、干部管理、劳动统计、奖惩等工作；协调管理新闻宣传工作；负责共青团、工会、妇联、老干部工作；负责教育培训工作的组织开展；负责党建、队伍建设工作和机关考情工作。
检务督察部门工作职责：负责对本院干警违纪案件的查处；负责相关部门开展有关干警违法违纪的专项检查资料上报、清风干部系统录入、管理与维护；办理上级院交办的案件；办理临河区纪委监委转办的举报本院干警违纪案件；督促并协助党组召开本年度党风廉政建设工作会议；开展常规性的检务督察工作，履行监督执纪问责职责，（包括：会风会纪督察、考勤督察、业务督察、专项督察、节假日督察、警车超速督察等）；负责对本院案管大厅、控申接待大厅人员在岗履职情况及检容风纪进行督察；不定期在内网签发各类督察通报；完成“两个责任”平台的监督职能，负责录入上传“监督责任”工作。
9、司法警察大队。负责办案场所警戒、人员押解和看管等警务事项。参与搜查；提押犯罪嫌疑人、被告人和犯罪；送达有关法律文书（含卷宗材料等）；保护出席法庭检察人员的安全；协助维护检察机关接待群众来访场所的秩序和安全；保障检察业务部门使用办案工作区；参与调查核实；协助职务犯罪侦查参与自侦办案调查取证；参与公益诉讼案件调查取证；协助提审、开庭。 
